商标的保护均採属地主义，亦即商标权人必须逐一在各个国家地区分别申请注册以取得保护。依现阶段实务，有商标法的国家地区均有商标申请及注册制度，但在国家地区之上亦有跨国性的组织或团体受理商标注册的申请。其中一个是以巴黎公约为基础，依据「商标国际注册马德里协定」或「商标国际注册马德里协定有关议定书」的规定，在马德里联盟成员国间所进行注册的商标，建构成国际注册；另一个是以欧洲联盟为基础的欧洲联盟商标注册，即包括其会员国的全部。二者最大的区别在于欧洲联盟商标注册为一案涵盖其会员国的全部，而国际注册则须以申请人为会员国之一员并以母国申请为中心向国际注册局提出申 请并指定其延伸的国家或地区，国家延伸时须依法缴交费用才有效力。

欧洲联盟系取代既有的欧洲共同体，期以单一欧洲为架构的组织，其最初成员包括十五个国家地区，即英国、德国、法国、义大利、西班牙、荷兰、比利时、卢森堡、奥地利、希腊、瑞典、爱尔兰、芬兰、葡萄牙、丹麦；至二○○四年五月再加入匈牙利、波兰、捷克、塞浦路斯、爱沙尼亚、立陶宛、拉脱维亚、马尔它、斯洛伐克及斯洛维尼亚等十国，目前成为具有二十五个会员国的跨国组织，尚有其他国家申请加入该联盟，如罗马尼亚，保加利亚及土耳其等。

由于欧洲联盟的商标注册制度系以一案涵盖全部会员国，且在其中任一国使用注册商标均可视为在欧洲联盟境内的使用，进而维护商标注册效力，因此，现阶段已成为颇受欢迎的商标注册制度。

欧洲联盟的商标申请可直接向位于西班牙亚利肯特(Alicante)的欧盟商标局提出，亦可经由各会员国的商标主管机关代转，由商标局统筹进行审查事宜。依欧盟商标法规，商标审查员只能以绝对不准注册事由为核驳处分，但不能以相对不准注册事由驳回商标申请案，故提供商标近似查名资料供申请人自行决定是否进行缴费注册。商标近似查名资料包括欧盟本身的申请及注册案，各会员国的申请及注册案。由于多数欧盟会员国亦是马德里国际注册的指定国，故查名报告中亦列出国际注册的相关近似前案。

欧洲联盟商标注册制度固为一跨国性的注册，但在各国仍有其固有的商标局持续接受个别国家的注册（但荷兰、比利时、卢森堡系以共同的商标局运作）。基于二套不同系统的商标保护制度，商标权利人彼此间自然可能产生摩擦。尤其如德国、法国、荷比卢及义大利等不审查近似前案的国家更易产生近似商标的衝突。为此，欧盟商标法规明定，商标所有人如欲在欧洲联盟申请时，若该商标已取得部分会员国注册者，得主张该前案的居先权(seniority)，亦即申请人必须于申请时详列各该注册明细，并检附注册誊本或证明，俾将之前的注册串连到后申请的欧盟案。若此，只须保留欧盟案，而原有的注册案得不继续延展。在遇有商标异议、侵害或其他诉讼案必须主张先存之权利时，该居先权的主张即成为最佳佐证。

又由于欧洲联盟的注册是一案要准全准，不准全不准，故若遇有商标因部分国家不接受而遭拒绝，或因商标争议案，申请人得选择只在可核准的国家改为国内注册，并得保留原欧盟申请案的申请日。转入国内注册时，申请人应依指定国之规定再缴交规费，以进行各国的审查及注册程序。

欧盟商标局在通知申请人近似前案的查名报告，且申请的商标符合注册要件时，即会安排商标公告事宜。在三个月的公告期间内，任何人可对之提出异议。异议程序的进行大多比照欧陆之大陆法系的职权主义进行，不若英美体系的冗长。欧盟商标异议有下列数项特色：

1. 给予当事人缓衝期限(cooling-off period)，俾由当事人双方进行协商。如有必要，于对方同意下，得申请展延。次数不限。
2. 商标申请人未于期限内答辩时，该申请案并不当然视为放弃，主管机关 仍得依一方提出之资料进行审查，并逕行作决定。
3. 败诉之一方应负担他方的费用。依欧盟商标法规，此项费用得包括代理人的收费。但实务上，以支付异议规费为最普遍。
4. 商标申请人之指定商品或服务如与异议人的商品或服务在市场上可能 产生混淆时，得以修正商品或服务的方式克服异议理由。

欧洲联盟自1996年4月1日起受理商标注册，迄今已受理数十万件商标注册案，且自今年起陆续将有延展案的提出。对于商标所有人而言，欧盟的商标注册是一便捷有效的选择。